В 1654 г. по инициативе Патриарха Никона грамотой царя Алексея Михайловича с. Боровичи и мон-рь с земельными владениями были приписаны к валдайскому в честь Иверской иконы Божией Матери мон-рю. Мощи св. Иакова по указу Патриарха были перенесены в собор Валдайской обители, в Святодуховской ц. Б. м. оставили ковчег с ребром святого. Опись Б. м. 1658 г. упоминает 3 обветшавших деревянных храма: cоборы в честь Сошествия Св. Духа с шатровым завершением и Покровский, ц. во имя св. Иакова Боровичского над зап. вратами, а также деревянные колокольню, 2 кельи и хлебню. При участии Патриарха Никона в Боровичах, на левом берегу Мсты, был основан Новодухов мон-рь, в 1664 г. там заложили каменный храм. Часть деревянных построек, в т. ч. надвратный храм из Б. м., перенесли во вновь устроенную обитель. После низложения Патриарха Никона строительные работы в Новодуховом мон-ре прекратились. В 1673 г. недостроенную каменную церковь разобрали, кирпич использовали при возведении в 1674-1676 гг. каменного храма в честь Сошествия Св. Духа в Б. м. В строительстве участвовали каменщики из Валдайского мон-ря, оттуда же в новый собор перевезли убранство для алтаря, подаренное кн. Ф. Мстиславским. Из Новодухова мон-ря в Б. м. перенесли деревянные строения, в т. ч. ц. во имя Иакова Боровичского. В 1712 г. Валдайский и Боровичский мон-ри с вотчинами были приписаны к Александро-Невскому мон-рю, в 1730 г. Б. м. вновь значился приписным к получившему самостоятельность Валдайскому мон-рю. После пожара 1732 г. и наводнения 1743 г. в Б. м. были построены новая деревянная ограда с башнями, к востоку от собора -деревянные св. врата с ц. Иакова Боровичского. В описи 1765 г. упоминается также каменная колокольня при соборе Св. Духа. Вместо деревянной, сгоревшей в 1778 г. была построена каменная надвратная церковь с колокольней (1792).
В 1-й пол. XIX в. каменное строительство в мон-ре активизировалось: в 1809 г. к западу от собора был возведен двухэтажный настоятельский корпус, в 20-х гг. по проекту губ. архит. М. М. Праве - вост. ряд братских корпусов, примкнувший к надвратной церкви, в 30-40-х гг.- каменная ограда с башнями (каждая завершена круглым барабаном и шпилем) и зап. ряд корпусов с кельями и хозяйственными службами. Одновременно был реконструирован в традициях позднего классицизма Свято-Духов собор, на месте ранее существовавших приделов XVII в. с севера и юга к основному объему были пристроены более просторные новые: в честь Покрова Пресв. Богородицы и во имя св. прор. Илии. На основном объеме были устроены карниз и четырехскатная кровля, изменена фасадная декорация. В 1865-1872 гг. по проекту архит. Г. И. Карпова к северу от собора был построен теплый трапезный храм, освященный в 1872 г. во имя св. Иакова Боровичского, в том же году надвратный храм переосвятили в честь Иверской иконы Божией Матери. Большой вклад в переустройство обители внес игум. Мелхиседек. Монастырский архитектурный ансамбль, сложившийся к сер. XIX в., запечатлен на гравюре 1865 г. (хранится в Боровичском филиале Новгородского музея). В 1871-1881 гг. вместо обветшавшей деревянной часовни на месте явления мощей св. Иакова, к юго-востоку от мон-ря, была воздвигнута каменная ц. в честь иконы Божией Матери «Умиление» (приписная к Б. м.), в к-рой хранилась почитаемая икона св. Иакова с изображением Иверского образа Богоматери и Б. м. (в наст. время в Новгородском гос. музее-заповеднике). С этой иконы в мон-ре изготовлялись многочисленные копии для богомольцев. В особом футляре в часовне хранилась часть деревянной колоды, на к-рой приплыл прав. Иаков.
Во вторник Светлой седмицы в память явления мощей св. Иакова в Б. м. совершался крестный ход. Из мон-ря в городской Троицкий собор совершались крестные ходы в праздники Пятидесятницы, Введения во храм Пресв. Богородицы, в день Сошествия Св. Духа на апостолов, в день перенесения мощей св. Иакова Боровичского. В период первой мировой войны в мон-ре был устроен лазарет для раненых. К 1917 г. в Б. м. жили 16 монахов и 10 послушников, мон-рь владел 908 дес. земли.
19 янв. 1918 г. особая комиссия Боровичского уездного исполкома описала монастырское имущество, верующие во главе с иером. Валентином оказали сопротивление властям, за что подверглись денежным штрафам. В февр. 1918 г. Совет рабочих депутатов постановил закрыть мон-ри Боровичского у., весной было изъято имущество Б. м.: документы, продукты, скот. Молодым насельникам предложили покинуть мон-рь, престарелых оставили в организованной при мон-ре богадельне. К маю 1918 г. в Б. м. оставались игум. Владимир, 2 иеромонаха, иеродиакон. В 1920 г. из обители конфисковали серебряную утварь весом более 16 кг. В Свято-Духовом храме нек-рое время продолжались богослужения, затем его закрыли. В 20-30-х гг. были разобраны главы куполов собора и ц. Иакова Боровичского. В 1937 г. закрыли храм в честь иконы «Умиление». Здание использовалось под сапожную мастерскую, во время войны здесь изготовляли бутылки с зажигательной смесью, затем в храме находилась керосиновая лавка, склад горюче-смазочных материалов завода «Мстатор»; в 1995 г. возобновились богослужения. Под храмом находится целебный источник св. Иакова, освященный в 1997 г. В 1941-1945 гг. на территории Б. м. располагались госпиталь, затем воинская часть (до 2001). В 80-х гг. XX в. Боровичский участок Новгородской реставрационной мастерской осуществил ремонт с частичной реставрацией служебных корпусов и сев.-зап. угловой башни. К наст. времени на территории Б. м. сохранились собор Сошествия Св. Духа (XVII в.), Иверская ц. над св. вратами (1792) и теплая ц. прав. Иакова с трапезной палатой (1865-1872), а также настоятельский корпус, братские кельи, хозяйственный комплекс, ограда с неск. башнями. Ребро св. Иакова Боровичского после закрытия мон-ря верующие сохранили и передали сначала в Успенский храм Боровичей, в 1960 г.- в приходской храм вмц. Параскевы Пятницы.
14 сент. 2000 г. в Б. м., в храме св. Иакова, был совершен первый после возобновления здесь церковной жизни молебен. С 2003 г. Б. м. является архиерейским подворьем Новгородской епархии, настоятель свящ. Валерий Дьячков. Богослужения совершаются в восстанавливаемом храме Св. Духа. В нем же находится рака с частицей мощей св. Иакова. В окт. 2002 г. в Боровичах и в Б. м. состоялись первые Таисиевские чтения, посвященные игум. Таисии (Солоповой).